Ilomantsilaisesta metsäjäniksestä tulee lajin kansainvälinen standardi

Ensimmäistä selvitettyä suomalaista genomia edustaa ilomantsilainen metsäjänis. (Arkistokuva) Kuva: Sami Karppinen

Tutkimusyhteisön tavoite on tuottaa korkealaatuista tietoa eliölajien verrokkigenomeista. Verrokkigenomia voi ajatella eräänlaisena hakuteoksena. Erilaisia sekvenssisisältöjä voidaan verrata tähän hakuteokseen ja näin ymmärtää eliön geenien koostumusta ja toimintaa.

Tutkimusaloitteeseen osallistuvat Itä-Suomen yliopiston ympäristö- ja biotieteiden laitoksen tutkijat. Ensimmäistä selvitettyä suomalaista genomia edustaa ilomantsilainen metsäjänis. Genetiikkaan keskittyneen tutkimusjohtajan Jaakko Pohjoismäen mukaan myöhemmin tänä vuonna julkaistava genomi tulee edustamaan metsäjäniksen perimän kansainvälistä standardia.

Metsäjäniksen perimän osalta tutkijoita kiinnostaa erityisesti metsäjäniksen risteytyminen rusakon kanssa. Perimän kartoittaminen tulee hyödyttämään myös lajin uhanalaisten populaatioiden suojelua ja ymmärtämään lajin sopeutumisen edellytyksiä ilmastonmuutokseen.

"Verrokin avulla voimme vastata kysymyksiin, kuten ovatko esimerkiksi risteymäkoiraat steriilejä, mikä voisi selittää metsäjänis-äitilinjojen yleisyyttä rusakoissa, tai millaisia luonnonvalinnan voimia kyseisiin risteymiin kohdistuu”, Pohjoismäki kertoo.

DNA-sekvensointimenetelmien kehittyminen on tehnyt eliöiden perimän emäsjärjestyksen selvittämisestä arkipäiväistä. Tyypilliset sekvensoidut perimät ovat kuitenkin hyvin rikkonaisia, jolloin emme tiedä esimerkiksi, mistä kromosomista jokin sekvenssi on peräisin. Referenssi- tai verrokkiperimät kootaan puolestaan kromosomeittain, ja samalla selvitetään niiden geenisisältö.

”Jatkossa mikä tahansa hajanainenkin sekvenssitieto voidaan koota ja sen sisältö selvittää vertaamalla tätä olemassa olevaan verrokkiperimään, mikä nopeuttaa ja parantaa tutkimusta”, Pohjoismäki kertoo.

Itä-Suomen yliopiston tiedotteen mukaan tutkimus lisää samalla ymmärrystä eurooppalaisen luonnon monimuotoisuudesta. Arvioiden mukaan noin viidennes Euroopan noin 200 000 eliölajista on vaarassa kuolla sukupuuttoon.

"Nyt julkistettua hanketta voi pitää samanlaisena operaationa kuin avaruuslentoja. Yksittäisiä löytöjä tärkeämpää voi olla kaikki se muu mitä aiheen tiimoilla tapahtuu. Voi syntyä teknologisia läpimurtoja, ennakoimattomia uusia avauksia, käytännön sovelluksia ja niin edelleen.”

Tutkimusaloite on julkaistu uusimmassa Nature-tiedelehdessä.